Deux semaines après la collision de deux avions, toute la ville d’Albuquerque est en deuil. Alors que sa femme a demandé le divorce, Walter refuse de continuer à travailler dans le crime. Mais, au risque de provoquer une guerre entre les barons mexicains et américains, Gus élabore un plan pour le ramener dans la production de drogue. De son côté, Hank cherche un moyen de mettre en prison les trafiquants, et se consacre entièrement à l'affaire Heisenberg qu'il pourrait résoudre en retrouvant la trace du camping-car. Pendant ce temps, deux tueurs du cartel de Juárez arrivent à Albuquerque pour venger la mort de leur cousin Tuco Salamanca.
Épisode 1
Après la catastrophe aérienne, Skyler met Walt à la porte, tandis que la cure de désintoxication de Jesse lui permet de faire face à son passé.
Épisode 2
Alors que Skyler demande le divorce, Walt se retrouve malgré lui dans la ligne de mire de deux tueurs à gages de cartels mexicains assoiffés de vengeance.
Épisode 3
La tension monte quand Walter retourne s'installer à la maison sans l'autorisation de Skyler, quant à Jesse, il envisage de se relancer dans le deal.
Épisode 4
Alors que Jesse a repris du service et qu'il tente de rameuter Walt, la liaison qu'entretient Skyler avec son chef sème le chaos.
Épisode 5
Alors que Skyler revient sur ses décisions, Walter envisage de reprendre le deal, tandis que la détermination de Hank s'annonce périlleuse pour Jesse.
Épisode 6
La découverte du vieux camping-car de Walt et de Jesse les contraint à agir au plus vite, alors que Walt reprend du service dans le laboratoire dernier cri de Gus.
Épisode 7
Alors que Hank risque sa carrière en s'en prenant à Jesse, ce dernier est bien déterminé à porter plainte, mais Skyler demande à Walt d'intervenir.
Épisode 8
Alors que Hank s'accroche à la vie après l'attaque du cartel, Walt veut éviter tout problème et propose à Jesse de devenir son partenaire.
Épisode 9
Alors que Marie a peur de voir son mari paralysé, Jesse cherche un moyen d'augmenter sa part des bénéfices.
Épisode 10
La nuit est longue et tendue pour Jesse et Walt qui ont toutes les peines du monde à se débarrasser d'un intrus qui a réussi à s'infiltrer dans le laboratoire.
Épisode 11
Hank est découragé par ses faibles progrès, Skyler remet en cause le système de blanchiment d'argent de Saul, et Jesse tombe sous le charme d'une copine de désintox.
Épisode 12
Jesse poursuit les dealers à l'origine du meurtre de Combo, tandis que Hank hésite à quitter l'hôpital, et que Skyler mène Walt par le bout du nez.
Épisode 13
Après le meurtre de trafiquants, Walter tente de négocier un accord avec Gus pour avoir la vie sauve, quand un personnage fait son retour.